L'originale Istituto Tecnico Industriale nacque nel 1961, con sede in Via Conciliazione (attuale sede del Conservatorio), come distaccamento del "Corni" di Modena.
La scuola divenne autonoma nel 1966 conservando però la medesima denominazione.
Fu solo nel 1970 che il Collegio dei docenti scelse di intitolare l'istituto a Enrico Fermi, il grande fisico che era stato uno dei padri della fissione nucleare.
Pochi anni dopo la scuola si trasferì nella sua attuale sede. Nel 1995 fu avviata la sperimentazione del Liceo Scientifico Tecnologico.
Infine, dall'a.s. 2010-11, a seguito della riforma, la scuola ha assunto l'attuale denominazione di ISTITUTO SUPERIORE “E.FERMI”, Istituto Tecnico Settore Tecnologico - Liceo Scientifico delle Scienze Applicate.